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        定量蛋白質組 ? 4D-label free定量蛋白質組學

        · 產品定義

        4D-label free蛋白質組學是基于timsTOF Pro離子淌度平臺的非標記定量蛋白組學技術,通過數據依賴性采集-同步累積連續碎裂(ddaPASEF)掃描模式進行差異定量蛋白質組學分析。該技術是對傳統label free蛋白質組學的升級,其核心是將數據依賴采集(DDA)與同步累積連續碎裂(PASEF)相結合,外加第四維度的離子淌度分離(基于肽段的碰撞截面積CCS),提高離子利用率和準確度,以更少上樣量、更快掃描速度,實現蛋白質組學在覆蓋深度、靈敏度、通量方面的全面性提升。

         

        · 技術路線

        技術路線

         

        · 技術優勢

        1. 4D技術加持,更加適合微量樣本

        2. 可用于不同物種間的“有無差異蛋白”比較

        3. 無標記定量蛋白質組學中的倍數壓縮

        4. 克服標記定量蛋白質組學技術在樣本數量上的限制,靈活方便

        5. 采用布魯克的timsTOF Pro/Pro2質譜平臺,檢測速度提升近一倍

         

        · 數據分析

        標準數據分析內容

        鑒定分析

        鑒定與定量結果統計;單個樣本蛋白質鑒定結果統計;韋恩圖

        表達差異分析

        差異結果統計;差異結果柱狀圖;火山圖;聚類分析圖;

        多組的比較分析(組別>=3

        mufzz聚類;雷達圖;箱線圖

        功能分析

        亞細胞定位;結構域分析;GO功能分析;KEGG通路分析;互作網絡分析

        質量控制分析

        肽段離子質量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白質豐度比分布

        高級數據分析

        功能分析

        GSEA富集分析

        臨床藥物研究

        藥物靶點注釋

        標志物篩選

        集成機器學習

        與臨床表征的聯合分析

        熱圖;弦圖;ROC分析;WGCNA分析

        關于個性化數據分析需求,請來電咨詢

         

        · 推薦組合產品

        組學“黃金”聯合:4D-label free + 4D-label free磷酸化蛋白質組

         

        · 推薦應用領域

        1. 藥物應答、基因敲除/過表達的蛋白表達譜分析

        2. 植物、微生物生長發育與脅迫逆境生理研究

        3. 疾病生物標志物與藥物作用靶點高通量分析

        4. 蛋白作用機制與特殊功能蛋白質篩選

        5. 各種物種的蛋白質組草圖構建

        6. 適合臨床微量樣本檢測,如:外泌體、FFPE石蠟切片、活檢穿刺組織等

         

        · 送樣建議(特殊樣本可直接咨詢021-5466-5263/400-066-6761)

        樣品類型

        推薦樣本量

        (新建Library

        推薦樣本量

        (不建Library

        動物組織類

        常規動物組織(腦、心、肝、脾、肺、腎、肌肉、皮膚等)

        30mg-2g

        15-2mg

        植物組織類

        柔軟組織(木本植物的葉、花等,草本科植物,藻類,蕨類植物,大型真菌等)

        100mg-2g

        50mg-2g

        微生物類

        菌類

        50mg-2g

        20mg-2g

        細胞樣品

        懸浮/貼壁培養細胞

        1-10× 10^7

        0.5-10× 10^7

        體液樣本

        血清/血漿

        0.1ml-0.2ml

        0.05ml-0.2ml

        外泌體

        血漿(未提取外泌體)

        4ml

        2ml

        提取完成的外泌體

        50μg

        20μg

        其他類

        細胞上清

        5ml-10ml

        2ml-5ml

         

        ·  參考文獻

        1. A blood atlas of COVID-19 defines hallmarks of disease severity and specificity.Cell.2022

        利用4D蛋白組學技術、單細胞測序等多種組學技術,系統分析不同嚴重程度的 COVID-19患者的多組學血液圖譜,并與流感和敗血癥患者與健康志愿者進行綜合比較分析

        2. Synergistically Bifunctional Paramagnetic Separation Enables Efficient Isolation of Urine Extracellular Vesicles and Downstream Phosphoproteomic Analysis. ACS Appl Mater Interfaces. 2021.

        4D-Labelfree蛋白組聯合4D磷酸化蛋白組學分析前列腺癌患者和健康個體尿液外囊泡,找到一系列疾病相關的磷酸化蛋白,表明其在臨床研究中的巨大應用潛力

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