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        芯片類 ? DNA甲基化檢測

        · 產品定義

        Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip Kit935K)是一種全基因組甲基化篩選工具,靶向人類甲基化組最具生物學意義的區域中超過935,000CpG位點,同時在其前代產品MethylationEPIC v1.0850K)的基礎上極大的提高了向后兼容性。該DNA甲基化芯片保留了以單核苷酸分辨率定量分析全基因組CpG的能力,同時提供高度準確和精確的甲基化檢測,不受測序深度的影響??墒褂镁?、用戶友好的Infinium甲基化檢測分析多種DNA樣本類型,包括從FFPE分離的DNA樣本。與其他方法相比,MethylationEPIC v2.0具有可擴展性和更低的單個樣本總成本,因此可用于探究疾病機制和生物標志物的篩選。

        · 實驗流程

        實驗流程

        · 應用方向

        1. 疾病機制

        2. 生物標志物

        3.發育/衰老

        · 數據分析

        分析條目

        擬解決的科學問題

        數據質控

        獲得高質量的分析數據

        批次矯正

        評估數據集中變量的主要成分

        beta值可視化展示

        分析樣本情況是否滿足預期的實驗設計

        DMP分析

        尋找后續 biomarker 有重要意義

        DMR分析

        DMR被認為在基因印記調節中起重要作用

        富集分析

        挑選用于后續研究的基因

        Functional Epigenetic Modules 分析

        表型數據相關的基因集合

        拷貝數變異分析

        研究遺傳致病因子

         

        · 技術優勢

        1.  全基因組覆蓋,CpG位點升級

        Illumina EPICv2.0935K)芯片可檢測人全基因組約935,000CpG位點的甲基化狀態,在850K的基礎上去除了性能不佳的探針:

        1)新增186,000CpG靶向增強子和超級增強子;

        2)更多CTCF結合位點、CNV檢測區域、EPIC v1.0覆蓋不足的CpG島以及常見癌癥驅動突變;

        3)還增加了經ATAC-SeqChIP-Seq實驗鑒定的與腫瘤有關的染色質開放區域;

         

        4)此外,基因組版本更新到hg38以及GenCode數據庫v41版本,是更適合用于表觀基因組全關聯分析研究(EWAS)的一款芯片。

         

        2.  兼容多種樣本類型,包括FFPE:

        FFPE組織樣本可獲得高質量數據,FFPE兼容性對于癌癥研究極為重要,能夠支持以大型腫瘤生物樣本庫為基礎的研究。935K芯片檢測兼容樣本:(1FFPE;(2)新鮮/冷凍組織;(3)全血;(4cfDNA。

         

        3.  高度準確和精確的檢測數據:

        935K甲基化芯片檢測能夠檢測到0.2beta值差異,假陽性率低于1%,從而實現了較高的分析靈敏度,同時也具有極好的數據可重現性。

        如下圖(A935K芯片技術重復相關性R2>0.99B935K芯片和850K的交集探針間的相關性R2>0.99。(C935K芯片數據與甲基化測序(100×測序深度)的相關性R2>96%。

        935K甲基化芯片檢測能夠檢測到0.2的beta值差異,假陽性率低于1%,從而實現了較高的分析靈敏度,同時也具有極好的數據可重現性。

        · 參考文獻

        1.   Canouil M ,  Khamis A ,  Keikkala E , et al. Epigenome-Wide Association Study Reveals Methylation Loci Associated With Offspring Gestational Diabetes Mellitus Exposure and Maternal Methylome[J]. Diabetes Care, 2021:dc202960.

        2.   Somineni H K ,  Venkateswaran S ,  Kilaru V , et al. Blood-Derived DNA Methylation Signatures of Crohn Disease and Severity of Intestinal Inflammation[J]. Gastroenterology, 2019.

        3.   Souren N Y ,  Gerdes L A ,  Lutsik P , et al. DNA methylation signatures of monozygotic twins clinically discordant for multiple sclerosis[J]. Nature Communications, 2019.

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