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        空間轉錄組學 ? 10x visium空間轉錄組學

        · 產品定義

        空間轉錄組學(Spatial Transcriptomics)是測量完整組織切片的mRNA,將mRNA的空間信息與形態學內容相結合,并繪制所有基因表達發生的位置,獲得生物過程復雜而完整的基因表達圖譜。作為一項突破性的技術,它允許科學家們檢測組織樣本中的所有基因活動,并繪制活動發生的位置。10× Genomics公司的空間轉錄組產品Visium使用了帶有專利涂層的載玻片,每張載玻片可以容納多個單獨的組織切片,并獲得空間層面分辨率的RNA測序數據,以更好地進行空間轉錄組研究。

        目前,該解決方案已在人、小鼠及大鼠等多物種、多組織中實現基因表達的空間解析可視化。通過10×官方提供的分析工具可將基因表達數據層加到H&E圖像上,用RNA表達和形態學特征來表征組織,從而獲得組織切片完整的生物學圖譜。

         

        · 技術路線

        OCT包埋組織空間轉錄組技術路線

        OCT包埋組織空間轉錄組技術路線

         

        FFPE組織空間轉錄組技術路線

        FFPE組織空間轉錄組技術路線

         

        · 技術優勢

        1. 平臺穩定,不需要對組織進行細胞解離;

        2. 真正的實現組織形態學與轉錄組學的整合;

        3. FFPE兼容,突破從石蠟樣本中獲取空間基因表達信息的障礙;

        4.  組織兼容性強,大部分人、大、小鼠以及部分植物類組織都可適用;

        5. 適用與單細胞轉錄組、空間代謝組等產品相結合,更好的解釋生物學問題。

         

        · 數據分析

        數據分析

        部分數據分析結果展示

        數據分析結果         數據分析結果

         

        · 推薦組合產品

        1.  空間轉錄組+單細胞轉錄組;

        2.  空間轉錄組+空間代謝組;

        3. 空間轉錄組+空間蛋白組。

         

        · 推薦應用領域

        1. 腦神經學:神經系統疾病研究;

        2. 發育生物學:細胞的空間分布和時空變化;

        3. 免疫研究:免疫浸潤和免疫微環境;

        4. 腫瘤研究:腫瘤微環境和腫瘤異質性;

        5. 病理學研究:病理切片的空間表達信息。

         

        ·  送樣建議 (特殊樣本可直接咨詢021-5466-5263/400-066-6761)

        樣本類型

        取樣方法

        質量要求

        保存運輸

        新鮮組織

        新鮮組織取樣后立即進行OCT包埋處理,然后液氮速凍,-80℃保存。如無法立即進行包埋處理,則先將組織用干冰速凍后再進行OCT包埋。

        RNA RIN值≥7,組織H&E染色完整、無明顯空隙。

        干冰運輸

        FFPE組織

        建議將FFPE組織在固定和包埋后存儲在4℃,以確保RNA的完整性。

        RNADV200 > 30%,組織H&E染色完整、無明顯空隙。

        常溫或冰袋運輸

         

        · 參考文獻

        1.   Kevin Lebrigand, et al. The spatial landscape of gene expression isoforms in tissue sections. Nucleic Acids Research, 2023.

        2.   Thomas Krausgruber, et al. Single-cell and spatial transcriptomics reveal aberrant lymphoid developmental programs driving granuloma formation. Immunity, 2023.

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